昆明海关的前身为蒙自海关，于1889年成立。1910年滇越铁路通车至云南府（昆明），蒙自海关在云南府设立分关。1932年1月1日，蒙自关税务司移驻云南府分关办公，蒙自关仍保留总关名义。1942年2月4日，蒙自、腾越两关合并，成立昆明海关。

云南解放后，1951年，昆明海关、腾冲海关合并，仍称昆明海关。1980年，昆明海关升格为局级关，直属海关总署，实行垂直领导体制，改名为中华人民共和国昆明海关。目前总关内设15个局、处（室）和机关服务中心及2个派驻机构，并代管总署昆明教育培训基地和瑞丽缉毒犬基地。下属海关机构与云南的对外开放相适应，共有21个隶属海关和9个海关缉私分局，分别设在中缅、中老、中越4061公里的国境线上和部分内陆开放地区。全关区共有干部职工1300余人，其中海关缉私干警250余名。

长期以来，昆明海关在云南省委、省政府的大力支持关心下，在海关总署的正确领导下，认真践行“三个代表”重要思想，深入贯彻“依法行政、为国把关、服务经济、促进发展”海关工作16字方针，按照“政治坚强、业务过硬、值得信赖”海关队伍建设12字要求，继承和发扬昆明海关多年来形成的优良传统和成功经验，以实行海关关衔制度为契机，强化依法征管、科学征管的税收工作意识，积极参与和推动云南省“大通关”建设，始终保持打击走私违法活动的高压态势，不断加强海关队伍的正规化、现代化和准军事化建设，努力把好祖国 “西南门户”，积极为云南省经济建设和改革开放贡献力量。